2003年12月1日，国务院批准巴彦淖尔盟改设为巴彦淖尔市。巴彦淖尔市共设1个区、2个县、4个旗，分别是临河区、五原县、磴口县、杭锦后旗、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗,下设有48个苏木、镇、10个街道办事处。
各旗县区管辖的苏木、镇、办事处是：
临河区：新华办事处、团结办事处、解放办事处、车站办事处、先锋办事处、东环办事处、西环办事处、铁南办事处、北环办事处、曙光办事处、狼山镇、新华镇、干召庙镇、乌兰图克镇、双河镇、城关镇、白脑包镇。
磴口县：巴彦高勒镇、隆胜合镇、渡口镇、沙金套海苏木。
五原县：隆兴昌镇、巴音套海镇、塔尔湖镇、胜丰镇、新公中镇、天吉泰镇、银定图镇。
杭锦后旗：陕坝镇、头道桥镇、二道桥镇、三道桥镇、蛮会镇、团结镇、双庙镇、沙海镇。
乌拉特前旗：白彦花镇、大佘太镇、小佘太镇、乌拉山镇、新安镇、西小召镇、明安镇、先锋镇、额尔登布拉格苏木。
乌拉特中旗：海流图镇、乌加河镇、德岭山镇、石哈河镇、巴音乌兰苏木、川井苏木、新忽热苏木、呼勒斯太苏木。
乌拉特后旗：呼和温都尔镇、巴音布拉格镇、潮格温都尔镇、巴音前达门苏木、获各琦苏木。
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